Il-86 được coi là một trong những máy bay chở khách an toàn nhất thế giới; một vụ việc có gây thiệt hại nhân mạng diễn ra năm 2008. Một tài liệu năm 2006 ICAO viết: "Không có vụ tai nạn gây thiệt hại nhân mạng nào trong hoạt động chở khách có liên quan tới chiếc máy bay thân rộng IL-86, trong toàn bộ thời gian hoạt động."[77] Thứ trưởng thứ nhất Bộ giao thông vận tải Nga và lãnh đạo Sở Hàng không Dân dụng Quốc gia Aleksandr Nyeradko đã nói năm 2003: "chiếc Il-86 đã và vẫn là một trong những máy bay chở khách đáng tin cậy nhất thế giới."[78]

Dưới đây là những sự kiện an toàn đáng chú ý liên quan tới chiếc Il-86 cho tới thời điểm hiện tại:-

• Vào một ngày không rõ trong thập niên 1980, một chiếc Il-86 không rõ khi tiếp cận Mineral'nye Vody gặp sự cố thuỷ lực khiến việc triển khai các thiết bị high-lift không đối xứng. Phi đội đã đưa chiếc máy bay hạ cánh an toàn và không xảy ra thêm vấn đề nào khác. Không thương vong.
• Một ngày không rõ năm 1980, chiếc máy bay mang số đăng ký SSSR-86004 (số của nhà sản xuất 51483200002 ["002"]) bị cháy ở động cơ số 4 khi xuất phát từ Vnukovo; ban đầu phi đội tắt động cơ số 1, sau đó động cơ số 4, nhưng hạ cánh an toàn trên đường băng nghịch với đường băng họ đã cất cánh, sau khi thực hiện vòng quay 180°. Không thương vong.
• Năm 1984, SSSR-86011 (c/n 009) bị phát hiện thấy một cú đập đuôi khi hạ cánh tại Simferopol'.[79] Không thương vong.
• Ngày 8 tháng 3 năm 1994, một chiếc Il-86 đỗ tại sân bay Delhi bị một chiếc Boeing 737 đang hạ cánh do một phi công thực tập lái đâm vào. Phi đội chiếc 737 thiệt mạng nhưng không có thương vong trên chiếc Il-86.[80]
• Tháng 6 năm 1998, RA-86080 (c/n 051) bị phát hiện đã bị quá tải, dường như bởi một cuộc hạ cánh nặng gần thời điểm đó, và những sửa chữa bị coi là không thích hợp vì máy bay sắp ngừng hoạt động. Không thương vong; máy bay bị lưu kho chờ nghỉ hưu.
• Ngày 1 tháng 5 năm 2000, RA-86113 (c/n 081) bị hỏng động cơ và bắt lửa khi cất cánh từ Sochi. Phi đội đã đưa chiếc máy bay hạ cánh quá tải an toàn. Các cảnh báo lỗi và vụ cháy sau đó bị phát hiện là giả mạo. Không thương vong.
• Ngày 21 tháng 9 năm 2001, RA-86074 (c/n 041) hạ cánh bằng bụng tại Dubai sau một chuyến bay từ Moskva, phi đội đã tắt cảnh báo tiếp cận gần vì khối lượng công việc lớn khi tiếp cận và họ đã quên mở bánh đáp; không thương vong; máy bay bị bỏ.[81]
• Ngày 26 tháng 8 năm 2000, RA-86066 (c/n 033) gặp hư hỏng và bắt lửa ở động cơ số 2 một thời gian ngắn sau khi cất cánh từ sân bay Sheremetyevo Moscow tới Barcelona. Phi đội đã hạ cánh trên đường băng ngược và không gặp thêm vấn đề khác. Không thương vong.
• Ngày 28 tháng 7 năm 2002, RA-86060 (c/n 027) đã đâm xuống đất ngay sau khi xuất phát từ Moscow trong một chuyến bay thường kỳ tới Saint Petersburg. Nút bấm trên thanh điều khiển đã gây ra tình trạng retrimming của đuôi máy bay, nhanh chóng chuyển tư thế xoay mũi nặng sang bổ nhào; 14 người trong số đó có 4 nhân viên phi đoàn, 2 nhân viên hỗ trợ mặt đất và 10 nhân viên trong khoang máy bay thiệt mạng. Hai người sống sót, họ đều là nhân viên trong khoang, và bị thương.[82][83][84][85]

Sau vụ đâm ở Moscow vào tháng 7 năm 2002, MAK Interstate Aviation Committee đã rút chứng nhận bay của Il-86, tạm thời cấm loại máy bay này cất cánh. Giấy chứng nhận đã được nhanh chóng cấp lại, quá trình này được hoàn thành vào đầu năm 2003.[86] Vụ tai nạn đã khiến cơ quan hàng không dân dụng Ai Cập nói rằng họ có dự định cấm các hoạt động của Il-86 tới Ai Cập vì các lý do an toàn. Giữa những cuộc đàm phán đang được thực hiện, tới năm 2007 ý định này dường như đã trôi đi và những hoạt động thường xuyên của Il-86 từ và tới nước này đã tiếp tục trong năm 2008.[87]